Hoạt động kinh doanh của Lei Jun đã được công nhận thông qua nhiều giải thưởng của ngành.

Năm 1998, ông trở thành Giáo sư Danh dự của Đại học Vũ Hán, trường cũ của ông và cũng là nơi ông có quỹ học bổng với chính tên mình.

Năm 2003, ông trở thành Giáo sư Danh dự của Học viện Kỹ thuật Trịnh Châu.

Năm 2012, Đài Truyền hình Trung ương Trung Quốc (CCTV) đã bình chọn ông là 1 trong 10 nhà lãnh đạo doanh nghiệp của năm.

Năm 2013, ông trở thành 1 trong 11 doanh nhân quyền lực nhất Châu Á do tạp chí Fortune bầu chọn, cũng như danh hiệu doanh nhân nổi bật nhất năm do tạp chí BAZAAR Men's Style trao tặng.

Năm 2014, ông được trao tặng danh hiệu "Doanh nhân của năm" bởi tạp chí Forbes Châu Á.